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基于深度學(xué)習(xí)的空間轉(zhuǎn)錄組注釋方法SPANN

發(fā)布日期：2024-07-03點擊： 發(fā)布人：統(tǒng)計與數(shù)學(xué)學(xué)院

報告題目：基于深度學(xué)習(xí)的空間轉(zhuǎn)錄組注釋方法SPANN

主講人：鄧明華教授（北京大學(xué)）

時間：2024年7月12日（周五）16:30 p.m.

地點：北院卓遠樓305會議室

主辦單位：統(tǒng)計與數(shù)學(xué)學(xué)院


摘要：本報告將介紹課題組最近開發(fā)的空間轉(zhuǎn)錄組注釋方法SPANN。SPANN的主要任務(wù)是將細胞類型標簽從注釋良好的scRNA-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)移到新生成的單細胞分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，并從空間數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)新的細胞。 SPANN利用最優(yōu)傳輸理論，實現(xiàn)了空間轉(zhuǎn)錄組樣本和 RNA 數(shù)據(jù)原型之間的對齊，從而進行細胞類型級別的比對。


主講人簡介：

鄧明華，北京大學(xué)數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院教授，現(xiàn)任中國商業(yè)統(tǒng)計學(xué)會副會長，中國工業(yè)與應(yīng)用數(shù)學(xué)學(xué)會數(shù)學(xué)建模專委會副主任，中國現(xiàn)場統(tǒng)計研究會統(tǒng)計交叉分會副理事長。鄧明華1987年9月-1998年1月在北京大學(xué)數(shù)學(xué)學(xué)院學(xué)習(xí)，畢業(yè)后留校工作至今。2003年8月晉升為副教授，2006年任博士生導(dǎo)師，2009年8月晉升為教授。其間2001年2月－2003年8月在美國南加州大學(xué)計算分子生物學(xué)中心從事博士后研究，2009年8月-2010年1月美國耶魯大學(xué)訪問副教授。鄧明華從事生物信息學(xué)研究，發(fā)表SCI論文100余篇。曾先后主持5項自然科學(xué)基金面上項目和1項863項目，先后參加3項973項目和2項科技部重點研發(fā)項目。